绿色食品标志使用权的有效期是三年。根据《绿色食品标志管理办法》第十八条规定，绿色食品标志使用证书有效期三年，证书有效期满后需要继续使用绿色食品标志的，标志使用人应当在有效期满三个月前向省级工作机构书面提出续展申请。省级工作机构应当在四十个工作日内组织完成相关检查、检测及材料审核。初审合格的，由中国绿色食品发展中心在十个工作日内作出是否准予续展的决定。准予续展的，与标志使用人续签绿色食品标志使用合同，颁发新的绿色食品标志使用证书并公告。不予续展的，书面通知标志使用人并告知理由。标志使用人逾期未提出续展申请，或者申请续展未获通过的，不得继续使用绿色食品标志。
《绿色食品标志管理办法》中规定：
1、未经中国绿色食品发展中心许可，任何单位和个人不得使用绿色食品标志。
2、在证书有效期内，标志使用人的单位名称、产品名称、产品商标等发生变化的，应当经省级工作机构审核后向中国绿色食品发展中心申请办理变更手续。
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